Yasay dilahirkan pada 27 Januari 1947, kepada pasangan Perfecto Yasay Sr., seorang pendeta, dan Deborah Rivas, seorang guru sekolah umum, di Kidapawan, Cotabato Utara.[3] Beliau menamatkan pendidikan menengahnya di Sekolah Menengah Bandar Davao pada tahun 1963 dan menerima ijazah Sarjana Seni dalam sains politik di Universiti Filipina Pusat, Bandar Iloilo pada tahun 1967. Beliau memperoleh ijazah sarjana undang-undang di Universiti Filipina.[4]

Beliau berkahwin dengan bekas pengarah eksekutif Suruhanjaya Penduduk, Cecile Joaquin dan memiliki tiga anak yang semuanya merupakan warga negara Amerika Syarikat. Beliau memiliki kewarganegaraan Amerika sehingga 2016 namun belum mengambil kembali sumpah kewarganegaraan Filipina; sebelum perdebatan untuk menentukan sama ada beliau tidak memiliki kewarganegaraan atau sebaliknya.[5]